অনুসন্ধান ও তদন্তের বিষয়ের মধ্যে রয়েছে— কক্সবাজারে কয়েকটি মেগা প্রকল্পে ভূমি অধিগ্রহণ বাবদ কয়েকশ কোটি টাকা আত্মসাৎ, চট্টগ্রাম মেডিকেলে অনিয়ম-দুর্নীতি, কর্ণফুলী গ্যাসে নিয়োগ দুর্নীতি, এনআইডি জালিয়াতি, রোহিঙ্গাদের ভোটার করা নিয়ে দুর্নীতি, ইয়াবা কারবারিদের সম্পদ গোপন ইত্যাদি।
এসব তদন্তের সূত্র ধরেই আলোচিত-সমালোচিত হন শরীফ। অভিযোগ রয়েছে, এসব প্রভাবশালী ব্যক্তিদের নানামুখী চেষ্টায় তাকে চট্টগ্রাম থেকে বদলি করা হয় পটুয়াখালী। এরপর আটকে দেওয়া হয়েছিল পদোন্নতিও।